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发送恶意短信公安认定为犯罪的方式如下。
1、公安机关会根据当事人的行为严重程度进行立案，发送恶意短信本身是一种违法行为，如果情节严重到足以构成犯罪，公安机关会按照相关法律程序进行立案处理。
2、公安机关会根据短信内容判断行为人的行为是否构成犯罪，如果短信内容涉及恐吓、侮辱、威胁等语言，且这些行为足以对他人的人身安全或财产安全造成威胁，那么行为人的行为可能构成犯罪，如果行为人通过发送恶意短信的方式敲诈勒索他人财物或故意破坏社会秩序等，也可能构成犯罪。
3、受害者可以向公安机关报案并提供相关证据，公安机关会依法进行调查取证工作，如果证据充分，公安机关会依法追究行为人的刑事责任，在此过程中，受害者应当积极配合公安机关的调查工作，提供相关证据和信息。
发送恶意短信是一种违法行为，如果情节严重，公安机关会依法追究行为人的责任，如果您收到恶意短信并认为自己的权益受到侵害，建议及时向公安机关报案并寻求法律援助。
仅供参考，如有任何疑问，请咨询法律专业人士或专业机构。